KeepNotes blog

Generally speaking, it's not common to use pie charts to demonstrate our data, especially in statistics or research. Whereas it’s very popular in business charts, so here are some tips in drawing pie charts and bar plots.

CLSI EP05A3 and EP15A3 as the reference

Definition of Intermediate Precision：

Intermediate precision (also called within-laboratory or within-device) is a measure of precision under a defined set of conditions: same measurement procedure, same measuring system, same location, and replicate measurements on the same or similar objects over an extended period of time. It may include changes to other conditions such as new calibrations, operators, or reagent lots. ——Intermediate precision

I thought I used to understand the ANOVA definitely. But when I’d like to apply the MANOVA model, I found I was totally wrong. I even had no clear understanding about which variables, continuous or categorical, should be used in ANOVA. So I decided to keep notes to figure out what is the difference between ANOVA, MANOVA and ANCOVA.

From now on, if any, I will try my best to keep notes in English to exercise written for work.

Recently I have discussed the non-standard evaluation mode in dplyr package with a colleague. Before that conversation, I always defined the mode as dynamic variables to search in google to solve related problems. Then I knowed that the dynamic mode is called “non-standard evaluation” in dplyr.

Excerpt from the paper： SDTM mapping scenarios you need to know.

Box-Cox变换是Box和Cox在1964年提出的一种广义幂变换方法，是统计建模中常用的一种数据变换，用于连续的响应变量不满足正态分布的情况。Box-Cox变换之后，可以一定程度上减小不可观测的误差和预测变量的相关性。

参考自ICH-E9，GCP，网上资料

一个SAS encoding的问题

当SAS的配置附件选择u8的sasv9.cfg后，SAS的-ENCODING参数就变成UTF-8，那么若输入数据是其他格式，如euc-cn Simplified Chinese (EUC)；那么若不将SAS session 转化未UTF-8，则可能会出现以下报错：

ERROR: Some character data was lost during transcoding in the data set MYDATA.DS3. Either the data contains characters that are not representable in the new encoding or truncation occurred during transcoding.

Hypothesis Tests

Correlation作hypothesis test是一个常见的分析，一般我们的零假设H0是ρ=0，也就是说想看下correlation与0的差别是否显著，此时满足t distribution，先计算t-statistics

什么是参考值范围（Reference interval）：

是指来源于大量的正常人群中有关实验测定数据，并根据正常人群中不同年龄、性别分别进行统计分析，得到了绝大多数人群中数据的分布范围，并以此确定参考值范围。对超出参考值界限不大的异常值，可以根据病人的临床表现区别对待，可以采取治疗措施，也可以进行观察。

什么是医学决定水平（Medicine decide level）：

是临床医生在诊断和治疗疾病时应该掌握和使用的数据，它不同于参考值的另一些限值，临床医生可以通过观察测定值是否高于或低于这些限值，可在疾病诊断中起排除或确认的作用，或对某些疾病进行分级或分类，或对预后作出估计，以提示医师在临床上应采取何种处理方式，如进一步进行某一方面的检查，或决定采取某种治疗措施等等。

参考自：DATA MINING Desktop Survival Guide by Graham Williams

主要为了理解Cox比例风险模型以及其预测结果

记录几个生成R脚本的header及注释的方法

SAS 系统全称为 Statistics Analysis System，最早由北卡罗来纳大学的两位生物统计学研究生编制，并于 1976 年成立了 SAS 软件研究所，正式推出了 SAS 软件。经过多年的发展，SAS 已被全世界 120 多个国家和地区的近三万家机构所采用，直接用户则超过三百万人，遍及金融、医药卫生、生产、运输、通讯、政府和教育科研等领域。

SAS在读书那会就听说了，但是由于其极其贵。。而且在学术界用的似乎并不广？所以也就没接触过了。

随手记一下

R语言在下载时是不区分语言版本的，但软件的语言版本是跟操作系统语言一致，比如win10操作系统设置为中文，则R语言安装后则是显示中文

本文只是对网上收集资料的简单整理

非劣效设计临床试验指导原则中：

当确证某个药物疗效时，优效试验（试验药与安慰剂、试验药的较低剂量或阳性药相比较的优效性）一般是理想选择。当优效试验不适用时，如使用安慰剂对照不符合伦理要求，可考虑采用非劣效试验。非劣效试验是为了确证试验药临床疗效，即使低于阳性对照药，但其差异也是在临床可接受范围之内。

一般在诊断试剂注册的临床试验中，对于acceptance criteria，一般是看其CI（confidence interval）的下限比较多（一般在sample size的时候也多设计下限条件）；不同acceptance criteria对应的CI计算方法也各有不同，但是也都是比较常见的几种：

试验中如有金标准，在与金标准比较时，应报告灵敏性和特异性、阳性似然比和阴性似然 比、阳性预测值和阴性预测值、其双侧95%置信区间。与非金标准比较时，应报告阳性一致性 百分比、阴性一致性百分比、总体一致性百分比，仅仅使用“敏感性”和“特异性”描述新试验与 非金标准的比较结果是不恰当的

而对于一致性的计算，使用Kappa检验的方法

Kappa检验由Cohen于1960年提出，因此又称为Cohen's Kappa

以下内容均参考自：Differences between SOPs and WPs

相比学术界，在医药行业，SOP（Standard Operating Procedures）和WP（ Working Procedures）对我们至关重要；虽然在我刚毕业那几年，我几乎没接触过SOP。。。

在学术环境工作的人，假如刚进入工业界，通常会有一个不适用的地方，遇到一些意想不到的困难，其中一个原因可能就是缺少遵守严格的工业SOP的经验。假如面试的候选人不了解SOP，那么该候选人在工业界可能还有一段适应的过程

在一些临床试验分析中，一般要求所有输出的结果中不能有errors和warnings；对于SAS而言，我们只需要查看SAS导出的log日记即可，但对于R而言，Rstudio/R都没有现成的功能来完成这个步骤。还好R可以通过sink()函数功能来实现

以下均是网上搜索整理的，若有更好的办法，可以交流下哈。。。

免疫组织化学检测（IHC）是病理诊断中常用的一种检测手段，它是利用带标记的特异性抗体（或抗原）与组织内抗原（或抗体）进行特异性结合并通过化学反应使标记抗体显色，以此来对组织细胞内抗原进行定位、定性及定量的研究。

PD-L1免疫组化检测，作为当前肿瘤治疗领域中最具前景的研究方向之一，肿瘤免疫治疗是通过调动机体的免疫系统，增强抗肿瘤免疫力，从而抑制和杀伤肿瘤细胞