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最近在用SQL处理数据库时,遇到对于时间数据的一些问题,刚好结合网上资料以及一些网上课程(DataCamp数据分析)整理下:

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Python用了有一段时间了,平时用到Numpy的时候,都是随用随查,这次抽时间整理下常用的用法

NumPy(Numerical Python)是 Python 中的一个线性代数库,在数组矩阵运算、逻辑运算以及Scikit-learn、pandas和tensorflow等包中被大量使用

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最近工作上碰到了docker了,之前买了书却一直没开始学习,这次借机会好好整理下了。。。网上docker教程很多,但是对于一些的概念以及运行逻辑来说,还是得好好了解下

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之前在AWS上的梯子过期了,最近想给博客挪个窝(现在有时总是宕机);在网上看看云服务器是否有做活动时,刚好看到腾讯云有个299/年香港服务器的活动,果断买了作为一台国外服务器,其中一个功能当然可以用来撘梯子咯,而且网速也更加稳定点

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T-SQL作为SQL的扩展语言,是SQL程序设计语言的增强版,它是用来让应用程序与SQL Server沟通的主要语言

SQL作为结构化查询语言,是标准的关系型数据库通用的标准语言;T-SQL是在SQL基础上扩展的SQL Server中使用的语言

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当shiny app包含多个页面以及繁杂的代码,这时如果单纯的将所有代码写在一个app.R中可能难以维护以及管理,这时则需要考虑将其各个部分模块化;将一些重复代码封装到一个个模块中,方便多次调用

对于上述需求,shiny官方已有了很好的解决方案,如Modularizing Shiny app code

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SQL是结构化查询语言(Structured Query Language)的简称,是一种数据库查询和程序设计语言,用来访问和操作数据库系统

数据分析中SQL是必不可少的一项技能,因为需要从数据库中通过SQL来获取需要的数据进行分析,现在数据分析软件如Python,R,SAS等都支持SQL命令

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在工作中会遇到需要在一台离线的服务器上配置一些Python包,这是常见的Python安装方法就无法胜任了,需要先下载二进制whl文件,然后copy到服务器上进行安装;一般常见的第三方库可以在https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

但是一些Python包会有一些依赖包,这时单靠二进制whl文件是无法离线安装这些依赖包的,这时我们需要知道所要安装的包对应的依赖文件有哪些:

  • 如果Python环境中已经有了pdfminer包,那么用pip show即可查看
  • 如果有source code安装包,则可以通过安装包内的requires.txt文件查看
  • 对于在环境中已存在的包,也可以用pkg_resources包的一些函数来查看
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Hugo是一个用Go语言编写的静态网站生成器。静态网页是指存放在服务器中的的HTML文件,经渲染后呈现给用户,相比一些动态网站,其内容相对稳定,不需要数据库支持

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前段时间加入了Openbiox组织,其是由社区驱动建立的生物信息学创新协作社区;个人觉得这个是国内首个具有开源创新精神的生物信息社区,其中有不少比较有意思的项目以及学习任务可供大家选择参与,拓展技能以及实践操作

因此向大家推荐一下,欢迎加入

前段时间参加了生物信息学创新协作小组 Openbiox 中的XenaShiny开发小组(主要根据Xena数据库的API,以shiny app形式展示,提供数据下载及相关分析等功能,已打包成R包可供下载安装),第一次参与协作开发任务,才发现自己原来所掌握的Git知识点还是过于简单了,因此买了本Git相关书籍从头了解下,并做笔记以便查阅(当然有时翻书更加方便)

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之前在生信媛公众看到一篇软文GOplot 可视化基因富集分析结果,刚好我也对一些可视化方法蛮感兴趣,因此学习了下,感觉蛮有意思的,其提出了一些新的GO富集可视化思路;因此在官方提供的测试数据基础上,尝试用下常规的GO富集数据格式

GOplot使用了zscore概念,其并不是指Z-score标准化,而是用于表示参与某个GO Term下基因的上下调情况,公式:$zscore=\frac{(up-down)}{\sqrt{count}}$

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前段时间终于结束了一些事情,一个月来没好好坐下来看些资料了,接下来打算把之前计划的事情都一一完成下,先从stringr包开始,这个R语言的工具包值得做些笔记以便平时自己的查询及使用(记性不太好),可以提高不少处理数据的效率

stringr包有众多处理字符串的函数,一般都是以str_开头命名,非常好理解和记忆;相对一些相同功能的基础函数,其更加高效及便捷

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给R包加上一个shinyapp是一个不错的想法,可以将shiny交互方式作为R包的usage instructions的补充,user在使用前能先了解下这个R包能做的事。。。。

比如shinyjs的作者Dean Attali就给这个R包做了一个shiny网页,如:https://daattali.com/shiny/shinyjs-demo/

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继续整理shiny的几个用法

Download existing file

在shiny用法整理(三)中,提到对于多个文件的下载,可在downloadHandler中将多个输出文件进行压缩后作为单个文件进行下载,比如我有100个文件要生成:

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最近看到一篇文献Sex-specific transcriptional signatures in human depression,其中提到了用Rank-rank hypergeometric overlap (RRHO)方法来寻找不同类型样本之间的overlap基因

文章研究在Major depressive disorder(MMD)下,对6个brain regions(vmPFC, OFC, dlPFC, aINS, NAc, vSUB)进行转录组测序,研究不同性别下与MMD相关的6个brain regions的一些表达特征;通过RRHO来寻找brain regions的overlapping patterns,相当于找一些有共同影响作用的基因

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