0%

最近有个问题,如何用R来生成RTF报告,报告中包括一些表格和图表

这个需求在一些药企通常会用SAS来生成,但是我对于SAS不太熟练(虽然也会用一点SAS来生成一些常规表格);并且觉得SAS过于繁琐,可拓展性不够,因此想找寻一种可用R来替代的方法

Read more »

前段时间逛Kaggle的时候,发现有个对于Covid-19的预测比赛(COVID19 Global Forecasting (Week 4)),其给出的数据有以下几列:

  • Province_State,省
  • Country_Region,国家
  • Date,日期
  • ConfirmedCases,确诊人数
  • Fatalities,死亡人数
    Read more »

Generalized ESD Test (ESD)是Rosner教授基于Grubb's Test(或extreme studentized deviate (ESD) test)改进的识别离散值的方法

因为ESD的备择假设是数据集中有一个异常值,而现实情况下数据集中异常值不止一个;因此Rosner提出了GESD(泛化版ESD)

Read more »

整理下几个概念:

  • Risk/Absolute Risk (AR)
  • Relative risk (RR)
  • Absolute Risk Reduction (ARR) 或 Absolute Risk Difference (ARD)
  • Relative Risk Reduction (RRR) 或 Relative Risk Difference (RRD)
  • Number Needed to Treat (NNT)
  • Odds Ratio (OR)
Read more »

最近在陆陆续续收集一些可视化Covid-19数据的一些方法,主要想用R来实现;一方面对R比较熟悉,另一方面是作为后续整合到Shiny的前期准备工作,最终实现用Shiny平台来全面展示全球Covid-19的数据,类似做一个这样的网页:opsdashboard

Read more »

我在maftools包的PlotOncogenicPathways函数分析了TCGA已知的10个致癌信号通路,统计了maf文件中在各个通路下的基因数目以及患者人数等信息

我发现数据集A在TGF-Beta通路中有5个基因发生突变,数据集B则有1个基因发生突变;我想知道这两个数据集(以某个指标区分开的)在TGF-Beta通路的基因突变比例是否有显著的统计学意义

Read more »

偶尔在查阅资料的时候发现一种动态排名条形图(bar chart race),最初应该是在别人展示各国GDP的时候见过,我查了下,其是用Flourish完成的,我正好用其来可视化Covid-19全球疫情数据

Read more »

最近工作上接触到一些Covid-19新冠病毒一些信息,平时也常常看到国内外各个地区确诊患者不断的增加,但是还有一些我想了解的数据并没有在一些主流媒体上呈现出来;因此想通过自己的方式来可视化这些数据,依次解决以下问题:

  • 下载整理每天确诊/死亡/治愈的患者数据
  • 通过地图可视化方式来呈现各国各地区的最新患者数目
  • 使用常规图标来呈现各国患者的变化趋势
    Read more »

Co-mutation and exclusion analysis in R这篇文章中提到maftools包的somaticInteractions()函数可以做Co-mutation/exclusion分析及可视化

由于结果图中展示的颜色有点问题,因此我去查看了下其源码,发现其是参考文献:Combining gene mutation with gene expression data improves outcome prediction in myelodysplastic syndromes

Read more »

Confusion Matrix,及混淆矩阵,用于展示模型预测精度的一种较为常见的方法;其属于分类模型评价方法中的一种,其他还有收益图(Gain),提升图(Lift),ROC等

对于最常见的二元分类来说,它的混淆矩阵是2x2的,以wiki图为例:

Read more »

推荐三篇关于Shiny module使用技巧的博文,相比shiny官网中的module相关教程,其更加深入的介绍了一些用法(PS. 是一家名为ArData的公司写的,其有open source里有几个R包蛮有名的--officer包和flextable包):

Read more »

最近找shiny resource,发现shiny的shinyWidgets拓展包使用着非常不错,能给shiny各个控件润色不少,记录下一些有趣的功能

示例概览可以看官方文档:Widgets available

Function reference包含了shinyWidgets包所有的函数,点击后可查看具体某个函数的示例

为了方便后续的使用,我对一些函数的大体功能做了整理,便于个人使用

Read more »

最近由于工作上的需求重新整理了下Shiny资料,以及在网上找了些新的东西学习了下,一些个人觉得蛮适合shiny学习的资料在此分享一下。。。后续还会整理下实用的Shiny extend packages

Read more »