R包安装源的选择

一般来说我们都是通过install.packages()安装base R包

通过source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite()来安装bioconductor
如果不做任何设置，R一般都是选择默认源，比如Rstudio是用https://cran.rstudio.com

biocondutor默认源则是http://bioconductor.org
从上述可以看到这些源都是在国外，因此我们如果使用默认源的话，下载R包的速度回非常慢（曾经我在刚刚安装的R上安装DESeq2花了10h。。结果还安装失败了。。），因此我们必须使用对应的国内源加快我们的下载R包的速度

3.1 base R包

可以在install.packages()函数里面指定镜像（即源），比如使用北大镜像
```
 install.packages("ABC",repos="http://mirror.bjtu.edu.cn/ ")
```
还可以在Rstudio -> Tools -> Global Options -> Packages选项中选择特定镜像（反正选个国内的就行，都比默认的镜像快多了）

3.2 bioconductor包

bioconductor包通常会依赖有一些数据库包，如果还是默认源的话，下载速度可以说比龟速还慢，因此必须要用国内源，也就是中科大的镜像
```
 source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
 options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
 biocLite("DESeq2")
```
参考于：http://www.biotrainee.com/thread-144-1-1.html

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