这个KEGG WebLinks简单的说,就是利用url命名规则,直接通过网页访问KEGG数据库
首先有一个概念需要理清楚
上述3个通路命名表示的是同一个通路(Glycolysis / Gluconeogenesis),但是从图上也可以看出三者有点细微的区别:
Links to Analysis Tools
这个工具分PATHWAY MAPPING (GET)和PATHWAY MAPPING (POST),概念上有区别,但对我来说,其实就是两种命名方式
GET:
http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?<mapid>/<dataset>[/default%3d<dcolor>] <mapid> = KEGG pathway map identifier <dataset> = <dbentry>1%09<bgcolor>1,<fgcolor>1[/<dbentry>2%09<bgcolor>2,<fgcolor>2...] <bgcolor> = background color <fgcolor> = foreground color "%09" represents TAB in ASCII code <dcolor> = default background color "%3d" represents "=" in ASCII code
解析一下:
- 首先
http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?
- 选择通路
map00400
- 选择要标注颜色的点
1.14.16.1
- TAB分隔符
%09
- 背景颜色
red
#上述例子暂时为空
- 前景颜色
blue
#跟背景颜色以','分割
- 全局默认值
default%3dpink
- 默认为粉色,即url里设定的点的背景颜色都为粉色
POST:
http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?map=<mapid>&multi_query=<dataset>[&nocolor=1] <mapid> = KEGG pathway map identifier <dataset> = <dbentry>1+<bgcolor>1,<fgcolor>1[%0d%0a<dbentry>2+<bgcolor>2,<fgcolor>2...] <bgcolor> = background color "%0d" represents CR in ASCII code <fgcolor> = foreground color "%0a" represents LF in ASCII code
官网例子:http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?map=hsa00010&multi_query=7167+red,blue%0d%0aC00118+pink
解析一下:
- 首先
http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?
- 选择通路
map=hsa00010
- 开始设置点颜色
&multi_query=
- 选择要标注颜色的点
7167+
- 背景颜色
red
- 前景颜色
blue
- 分隔符
%0d%0a
注:POST模式中选择标注的点的时候,只能选通路上的对应的K号,不能选择图上显示的名称(我也搞不清楚为什么。。)
- 首先
尝试个例子:
http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?map00100/5.4.99.8%09red/ERG2%09green
详情可以查看官网说明: http://www.kegg.jp/kegg/docs/weblink.html
本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处