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KEGG——BRITE && PATHWAY（KEGG功能注释）

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做个笔记，记录下KEGG的BRITE和PATHWAY

KEGG BRITE is a collection of manually created hierarchical text (htext) files capturing functional hierarchies of various biological objects, especially those represented as KEGG objects.（依据KEGG数据库，通过人工收集，对生物层面进行分级注释的数据，其实也就是一个有层级关系的文件） BRITE table files are now used to focus more on such multi-column attributes rather than hierarchy relationships.

KEGG BRITE incorporates many different types of relationships including:

  1. Genes and Proteins
  2. Compounds and Reactions
  3. Drugs
  4. Diseases
  5. Organisms and Cells

http://www.kegg.jp/kegg/brite.html

KEGG PATHWAY is a collection of manually drawn pathway maps representing our knowledge on the molecular interaction, reaction and relation networks for（主要于展现分子间作用、反应以及关系网络，由以下七大部分组成）：

  1. Metabolism
  2. Genetic Information Processing
  3. Environmental Information Processing
  4. Cellular Processes
  5. Organismal Systems
  6. Human Diseases
  7. Drug Development

http://www.kegg.jp/kegg/pathway.html

不管是KEGG BRITE还是KEGG PATHWAY都在持续更新中，如：
http://www.kegg.jp/kegg/docs/upd_kegg.html#brite
http://www.kegg.jp/kegg/docs/upd_kegg.html

以上这么多信息，一般我们都不会全部用到。一般的用法我们只想关注我们某个基因处于哪个KEGG PATHWAY，再者这个通路又是属于哪个生物学功能，over了。

比如我有一个gene对应的K号为K11251

那么我可以在http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?K11251查到：

  • 其所在通路有
    > ko04217 Necroptosis
    ko05034 Alcoholism
    ko05322 Systemic lupus erythematosus

  • 每个通路所属的生物学功能（KEGG Orthology）
    >04217 Cellular Processes， Cell growth and death， Necroptosis
    05322 Human Diseases，Immune diseases，Systemic lupus erythematosus
    05034 Human Diseases，Substance dependence，Alcoholism

当手头上不止一个gene的情况下时，则需要进行批量提取信息

需要准备两个文件:

  1. 如果我们只关系pathway maps的KEGG Brite信息，那么只需要进入http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?htext=ko00001，然后Download htext，获得ko00001.keg文件，里面有所有K号对应的KEGG PATHWAY信息

    • 例如A Metabolism表示下面的的pathway均属于Metabolism大类，同理B Overview表示下面的pathway属于Metabolism下的一个Overview小类，依次往下将pathway进行了分类

    • 例如C 01200 Carbon metabolism表示一个叫Carbon metabolism的通路ko01200

    • 例如D K00844 HK; hexokinase [EC:2.7.1.1]表示名为HK的K00844，其描述信息为hexokinase [EC:2.7.1.1]，是一种酶。

    因此我们只要将上述文件用脚本进行解析，即可获得所有的K号所对应的kegg maps信息，当然我们也可以找特定物种的，例如http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?htext=hsa00001，下载人类hsa00001.keg文件。里面除了K号与pathway对应信息外，还有K号所对应的gene id。这点很有用！

  2. 第二个文件则是对kegg pathway的生物学功能注释信息文件（仅对通路），那么只需要进入http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?br08901.keg，然后Download htext，获得br08901.keg文件，里面有kegg pathway对应的功能注释信息

    • 例如

        A<b>Cellular Processes</b>
  B  Transport and catabolism
  C    04144  Endocytosis

      则表示名为Endocytosis通路ko04144的生物学功能为Cellular Processes下的Transport and catabolism功能

    因此我们只要知道通路的ko号，则可以轻易知道其所属的功能

如要批量注释，则需要进行脚本将上述两个文件整合在一起即可。当然最重要的一点是，要先知道所有gene所对应的K号，这则需要通过其他方法才能获得，比如kegg的KOALA或者KAAS等工具了。

PS. KAAS是一个web式自动注释K号工具，如果有KEGG数据库的话，可以本地化的哦，可惜现在想要获得KEGG数据需要收费才行咯

本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处

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