前段时间参加了生物信息学创新协作小组 Openbiox 中的XenaShiny开发小组（主要根据Xena数据库的API，以shiny app形式展示，提供数据下载及相关分析等功能，已打包成R包可供下载安装），第一次参与协作开发任务，才发现自己原来所掌握的Git知识点还是过于简单了，因此买了本Git相关书籍从头了解下，并做笔记以便查阅（当然有时翻书更加方便） 刚好最近也打算开始好好整整Github仓库
初始化版本库
建立初始版本库有两种方法：从头开始创建或者克隆一个已有的版本库，下面是从头创建，执行后会有个.git隐藏文件夹
git init查看版本库状态
使用git status查看版本库状态（非常常用），Git将所有文件分成3类：已追踪的（Tracked）、被忽略的（Ignored）以及未追踪的（Untracked）
echo "New data" > data
git status如果有些文件不想做追踪，想让Git忽略目录中的某些文件，只需要将其添加到.gitignore中即可
touch main.o
git status
echo main.o > .gitignore
git status添加/删除文件到版本库
使用git add添加文件到版本库，添加当前目录全部文件可用.表示，上述data文件从Untracked变成了to be committed；使用git add后，文件被暂存和追踪，准备在下个提交的时候加到版本库中；每个文件可被SHA1值来索引
git add data .gitignore
git git status
git ls-files --stage接下来提交的是索引中的暂存的文件，而不是目录中的文件，因此有时工作目录下的文件版本会跟索引中的不一致；使用git commit来执行提交，如果使用git commit --all，Git会历遍整个版本库，暂存所有已知的和修改的文件，然后提交它们
git commit -m "first-operation"
git status如果想在版本库和工作目录中同时删除文件，可以用git rm命令；如果文件已修改但未提交，可用git rm -f来强制删除
git rm data
git ls-files --stage如果想找回已删除文件，还是可以恢复回来的
git checkout HEAD -- data如果是只从工作目录中删除，那么rm即可，但是这样做的话，索引还是存在的即已暂存；如果想从已暂存转化为未暂存，则可以使用git rm --cached
touch temp
git add temp
git status
git rm --cached temp
git status文件重命名
使用git mv对文件进行重命名
git add data
git mv data mydata查看提交日记
使用git log查看提交日记
git commit -m "my-data"
git log mydataGit允许很多分支，因此在同一个版本库中可以有许多个不用的开发县。默认每次你提交到Git的文件都会被储存到master（主干）分支
分支操作
创建分支，用git branch命令，默认是在当前工作的分支上的最近提交启动一个新的分支
git branch dev-kgu用git branch列出分支名，星号*开头的分支表示当前已检出的分支
git branch查看分支，用git show-branch，其提供更加详细的分支信息输出，按时间以递序的形式列出对一个或对个分支有贡献的提交，结果显示如下：
$ git show-branch
! [dev-kgu] my-data
* [master] my-data
--
+* [dev-kgu] my-data结果形式被一排破折号分为两部分，上方的部分列出分支名，星号()代表当前分支，不然以感叹号(!)标记；下方则是每个分支的提交矩阵，会看到有加号(+)、星号()或减号(-)出现的开头，其含义为：加号表示提交在一个分支中，星号突出显示存在于当前活动分支的提交，减号表示一个合并提交
检出分支，用git checkout，值得注意的是：如果工作目录中有文件修改但未提交则会报错
git checkout dev-kgu如果不愿意保留上述修改，则可以加-f强制执行检出；如果想将修改保留在当前分支的话，则需要先git commit；如果想将修改保留在新检出的分支上，则需要加-m参数，如：
git checkout -m dev-kgu如果主分支上修改了文件，并想将该修改提交到分支上，那么只需要在文件修改后对分支进行检出即可
创建并检出新分支，可以将创建-检出写成一行命令git checkout -b new-branch
删除分支，加-d参数
git checkout -d dev-kgu如果需要将分支的内容合并到主分支上，则需要用到git merge命令，比如将dev-kgu分支合并到master主分支上
git checkout master
git merge dev-kgu如有冲突的合并，Git并不解决冲突，这通常出现在对同个文件的同一处进行修改的时候；Git把这种争议性的修改在索引中标注为unmerged
diff操作
git diff也是一个比较常用的命令，用于查看工作目录、索引、HEAD之间的差别：
- 如工作目录与索引：
git diff - 工作目录和HEAD：
git diff HEAD - 索引和HEAD：
git diff --cached
更改提交
更改提交在Git操作中很普遍，可以让版本库中某个提交的工作目录、索引及HEAD进行修改
git reset有以下三点用法：
git reset --soft会将HEAD引用指向给定提交，索引和工作目录的内容保持不变git reset --mixed会将HEAD引用指向给定提交，索引内容也跟着改变，而工作目录的内容保持不变git reset --hard会将HEAD引用指向给定提交，索引内容和工作目录的内容也跟着改变
git cherry-pick可以在不改变版本库中的现在历史记录，而是添加历史记录
git revert用于引入一个新提交来抵消给定提交的影响，不修改版本库的现存历史记录，常见用途是撤销历史记录中的某个提交的影响
修改最新提交，即改变当前分支最近一次提交可用git commit --amend
git rebase命令是用来改变一串提交以什么为基础的
git rebase master branch推送至远程仓库
用git push命令可将当前master分支推送到origin远程版本库
git push -u origin master如果要推送分支，则
git push -u origin dev-kgu如果想从远程仓库中拉一份克隆，可用git clone命令
如果想获取远程的分支，即将远程分支dev-kgu克隆到本地并命名为dev-kgu，可以在git clone后，再git checkout -b dev-kgu origin/dev-kgu
git pull命令可以拉取远程仓库更新本地仓库，如拉取远程仓库的分支来更新本地分支
git pull origin dev-kgu以上内容均为书籍及网上资料所整理的，一些常用的命令简单的解释，具体Git原理以及每个命令对应的详细解释推荐看书籍效果更好哈
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