第一次听说R markdown的时候，简单以为Rmarkdown只是一个markdown拓展的一个小工具而已，最近才发现Rmarkdown是一个展示报告的利器！如果你不想用word等老套的报告模式，那么Rmarkdown绝对能满足你的需求，并且其还有其他优势所在（自行搜下就明白了） 下面总结下Rmarkdown的简单使用方法
首先得安装knitr包（R语言大神谢益辉写的）和rmarkdown包
knitr包将RStudio的Rmd格式文件编译为markdown格式，然后再将markdown文件直接渲染成HTML（这步knitr包和markdown包均可完成，最后会提到）
然后RStudio中点击File -> New_File -> R Markdown，先按照默认的设定来（Document，HTML），最后生成一个最简单的默认rmarkdown的模板，如下所示：
代码开头则是YAML header
---
title: "report"
output: html_document
---title表示这个文档的主标题
- 常见表示方法：
title: "This is my first report"这种字符串形式，双引号可加可不加 - 为了将主标题居中可以用html标签，如：
title: <center>This is my first report</center>（但是输出时会有warning）
output则表示输出格式，格式有N种，常见的比如：
- html_document 输出html格式
- pdf_document 输出PDF格式
- word_document 输出word格式
每个格式下面有N个参数可供选择，可用?html_document查看，比如随便挑几种看看：
output:
html_document:
toc: TRUE #目录
toc_float: TRUE #目录的形式
number_sections: TRUE #各个标题的数字标记
theme: readable #文档主题
# css: css/styles.css #加入额外的CSS
# df_print: paged #表格的形式
# fig_caption: TRUE #图片设置除了上述的参数外，其实还有一个蛮有用的includes参数可添加在html_document下面，主要用于在输出文档中添加额外的内容（有时还可以包括一些LaTeX语法哦）
includes:
in_header: header.html
before_body: before.html如果你想将文档既输出html又想输出pdf，那么在output下继续写入pdf_document参数
output:
pdf_document:
toc: TRUE
html_document:
toc: TRUE接下来是R markdown的正文部分，这里是语法主要是markdown，按照作者谢益辉的说法，准确说是Pandoc's Markdown。如果粗略的简单使用的话，主要去网上搜下markdown语法即可，半小时即可掌握，是一个轻便的标签语法；如果想深入了解Pandoc's Markdown的话，可以看看https://pandoc.org/MANUAL.html
对我来说，也只会简单的用法，但是暂时是够用了，比如有一下几种：
标题：在文字前面几个数1-6个
#号即可，分别代表1-6级标题# 这是 H1 ## 这是 H2 ###### 这是 H6引用：即引言，引用别人的话等，在文字前加入
>号> This is a blockquote.列表：可以分别有序列表和无序列表，前者用
1.等数字表示，后者用*等符号表示#有序列表 1. ONE 2. TWO 3. THREE #无序列表 * Red * Blue * Green代码块：用于输出一个整块代码，我一般用缩进4个空格，或者前后3个反引号表示
1
This is plain code blocks
图片和超链接：用于链接图片和网页
[myblog](http://www.bioinfo-scrounger.com) #超链接  #链接图片编写数学公式：主要用LaTeX语言，如二项式分布概率计算公式（在Rmarkdown里显示的是公式，但这里是无效的）
$$f(k) = C^k_n p^{k} (1-p)^{n-k}$$
还有其他用法可自行搜索，另外如果对html语言熟悉的话，在rmarkdown也中能用哦，代替一些markdown语法（这点在对报告进行一些细节上美化时非常实用）
除了上述的部分外，code chunks则是rmarkdown中核心部分，比如我们在示例中看的到：
echo 1
summary(cars)
我们一些统计分析以及数据处理过程会用到一些R的函数，那么为了使报告有很好的重复性，我们就需要将分析过程写入报告中，并可重复展示结果，这就是rmarkdown的作用所在
{r echo=FALSE}是设置参数的地方，举一个例子，如：
eval判断是否执行这个代码echo选择是否让代码在结果中显示results是否输出结果（无论TRUE/FALSE，代码均执行，但结果不一定显示）fig.width/fig.height用于设定展示图片的长宽
我们还可以在文档开头对全局代码做个全局设定
setup, include 1
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
对于输出图片而言，我们选择用R代码产生的图片：
1
plot(cars, pch = 18)
也可以从外界导入图片，则可以这样（knitr作者认为这种方式要比markdown链接图片的方式要更加可控）：
out.width 1
knitr::include_graphics('images/hex-rmarkdown.png')
我们可以看到这里的code chunks中的r表示是用R来处理的，其实knitr还支持其他N种语言，如：Python，Shell，JS/CSS等
> names(knitr::knit_engines$get())
[1] "awk" "bash" "coffee" "gawk" "groovy" "haskell"
[7] "lein" "mysql" "node" "octave" "perl" "psql"
[13] "Rscript" "ruby" "sas" "scala" "sed" "sh"
[19] "stata" "zsh" "highlight" "Rcpp" "tikz" "dot"
[25] "c" "fortran" "fortran95" "asy" "cat" "asis"
[31] "stan" "block" "block2" "js" "css" "sql"
[37] "go" "python" "julia"以上支持的语言详细说明可看knitr Language Engines
除了文字部分，对一个文档或者报告来说，表格也是非常重要的需求，表格一般可以有代码处理数据后生成的，也可以是读入外部数据所产生的，不管来源哪种，都可以用表格生成器（table generators）：knitr包的kable()函数，使用方式非常简单
echo 1
knitr::kable(iris[1:5, ], caption = 'A caption')
除了用kable()函数外，有个kableExtra包（也是中国人写的哦）的kable_styling()函数，配合kable()从而让表格排版更加美观点，附上中文版使用说明：用kableExtra做牛*的表格，功能只能说非常强大，让我们不在为表格排版美化再设置其他额外参数，用这个函数即可搞定，比如：
library(kableExtra)
kable(mtcars[1:5, 1:6], "html") %>%
kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover"))最后我们需要将报告输出，如果是RStudio上书写的话，点击界面上方的Knit按钮，然后选择输出格式就行，或者用rmarkdown的render函数输出
rmarkdown::render('report.Rmd', 'html_document')以上是对knitr和rmarkdown的一个简单的介绍，如果需要更加进一步的了解以及掌握深层的技巧，可以查看以下资料（我也还没完全看完。。。）
https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-13.html
R Markdown: The Definitive Guide
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