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简介随笔-持续更新

写博客的目的 2017-03-24

首先我并不是正统学生信出身,因此我没有经历过生物信息学课程完整的学习过程。

读研学了3年生物,在毕业前半年突然发现自己如果继续按照去生物/药企公司-做实验-继续做实验这套路走下去的话,内心不知为何是抗拒的。比较幸运的是,那时接触到2代测序这个概念,就萌发了踏入生信这个领域的想法。

从完全不懂到略微了解生信是干什么的,大约花了半年时间。期间除了工作上的知识以及技术外,还不断的学习了生信的一些相关技能。最初我是将所有知识点记在本子上,然后发现这样效率太低了。 然后我将学习的内容和保存在电脑上,这样只要有需要就可以随时在电脑上翻到以前别人总结的或者自己总结的知识。

当有一天为了查一个问题的解法,但从百度到google查了一天无果时,真希望有个人能将这个问题放在了网上。而且一般来说,百度搜不到的问题都能在google上搜到,对于这一点,我还是蛮佩服老外的分享能力。因此我在想,我也将我自己的所整理的笔记分享到网上,让一些想获取类似问题解答方法的人能够获得启发。

因此从生信领域来说,这博客所写的内容可能并不系统,深度由于自身原因知识储备的局限性可能也是比较浅。可能还会有些随意的笔记。我只能尽可能的写一些自己的经验,或许能帮上一些像我一样刚刚进入生信的初学者。

分享经验,从我做起~~~


更新于2019-11-03

在2019年上半年,我离开了工作近3年的公司(上海中科新生命),之前主要做些科研服务相关的工作,接触的都是一些组学的项目,比如蛋白/代谢/转录等,平时也简单的自学了一些基因组/表观组等常用的组学技术,了解下行业发展的新技术

整体上来看,这些都是属于科研工作的范围,从毕业至工作3年时间线上来看:

  • 开始工作的前半年时间属于刚刚转行的朦胧期,啥也不怎么懂,脚本也很粗糙,摸索着前进
  • 接着第二年来开始熟练掌握了公司现有的项目流程,开始自学了一些公司业务以外的技术,尝试在公司现有业务的基础上做了些改进;这一年感觉最深的就是,生信的发展日益迅速,新技术不断出现。。感觉现有的工作内容以及研发项目过于局限于小范围,无法将自己在工作以外所学的东西融汇在一起
  • 工作的第三年,对公司的现有分析方法做了改进,并尝试着往云平台等方法在了些尝试,但可惜个人IT技术的匮乏,只能做些公司内部用的小工具。。
  • 所以在公司的最后半年内,我觉得自己应该出去外面的企业走走看看,扩展下知识。。我所寻找的范围并不局限于生物信息,我觉得生信是一门生物知识和IT技术的结合体,而其又可以属于数据分析的范围,因此各个领域和相关方向都可以做下尝试
  • 最后我选择了一家做临床业务的公司(Perkinelmer),我所希望自己能学到一些跟临床数据分析相关的经验,让自己的能力有进一步的拓展

希望自己能继续学习,让生活变得更好!!!


更新于2020-05-24

出于个人意愿及工作业务的关系,我于2019年底打算更换职业方向,于2020.01正式离开了Perkinelmer。

我简单说下对于临床业务的一些看法:

  • 临床业务一般面向的客户群体是医院,医院的临床业务大致可以分为两块:临床基础研究和临床应用。临床基础研究范围比较广,之前的科研服务的客户对象就是临床基础研究的医生们,提供技术服务支持,提升医院的基础研究能力;临床应用则是属于给医院的提供临床实际应用上的支持,比如一些医疗服务公司提供的HIS/LIS,挂号门诊预约等系统,或者各个科室基于自身需要的个性化需求,比如预警系统等等。
  • 对于临床数据分析而言,假如接触的是基础研究,那么涉及到的数据来源则是一些样本的临床检测数据(比如NGS、临床指标等)。比如NGS数据的话,则是探索性研究肿瘤预后效果等,涉及到一些公共数据库的挖掘和一些临床统计方面的技术,比如临床指标数据的话,例如探索性分析全院糖尿病患者的一些医疗数据(如人口学、用药、检查等数据),挖掘一些具有前瞻性的指标用于糖尿病前期预警防控以及后期的治疗
  • 对于临床应用方面,现在大部分医疗公司在做的属于给医院搭建数据库以及医疗系统。现在国家希望医院能够将医疗系统电子化,比如挂号,电子病历等等,因此催生了一大批提供此服务的公司。一般此类工程师主要做一些数据库开发相关工作,以及涉及一些前端页面的搭建等(可视化方向)

以自身情况来看临床业务的职业发展:

  • 临床业务的终端客户群体一般是医院,因此公司团队的盈利在于能否拿到医院的单子,除了一些已具有一点垄断能力的公司外,大部分初创或者刚起步的公司,其主要依靠的是公司团队的人脉,而不是工程师的能力,因为工程师的能力很同质化,对于技术要求并不高
  • 一般公司是给医院提供基础服务的,同类公司较多,同质化比较严重,因此医院对于技术提供方的选择有很大的话语权,所以医疗服务公司是处于话语权较低的乙方公司
  • 上述所说的同质化严重以及技术要求不高是对于一些传统业务的公司而言的。现在一些高技术公司也在进行跨域竞争,主要涉及人工智能/机器学习在临床上的应用,比如病历报告的NLP算法,影像学报告的图像识别算法等等

结合上述临床业务的职业发展和自身的职业规划,我初步觉得自身技术能力及需求无法跟公司部门发展路径相匹配;进而结合三年来的工作阅历以及自身能力,当时大致给自己定下的职业方向大致有以下几点:

  • 生物信息技术在药企/诊断临床的基础研究方向,现在生物信息的WGS/WES/GWAS等技术已发展较为成熟,一些药企在药物研发以及诊断公司在诊断产品的开发中会涉及到相关技术
  • 药企/诊断公司的生物统计方向,药企以及诊断行业我认为是一个朝阳可持续发展的行业,其中统计分析师属于一个比较关键的职位,也有着比较良好的职场上升通道
  • 其他领域(如金融等)数据分析师方向,这个对于我而言跨度比较大,虽有一些技术上的储备,但是行业跨度较大可能会导致起点比较低,因此放在最后

最后我选择了一家诊断公司(罗氏诊断)从事统计分析方向,一方面是对于行业的选择,另一方面则是对于生物统计有着比较大的兴趣

以上为个人总结,仅代表个人观点,如有问题欢迎沟通交流

希望我能通过学习在诊断领域的统计方向有长足的发展!!!