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blast2go本地化教程

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Blast2go本地化教程网上也有不少，但是都是13年之前的，由于最近有这个需求，我也重新收集了下资料，然后整理了下：

主要参考：
http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation/
http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources/35-localb2gdb
各种百度+google #### 前期准备 1. Mysql，这个肯定不用说了，必须的要的，我的是ubuntu 14.04，用apt默认安装的，然后将默认数据库目录改到自己的空间大的目录下，我是改到home目录下了，可参考修改mysql默认数据库目录 2. Java，这个教程里面说是1.6 or 1.7，但我试了下1.8也是可以用的，那肯定就是用1.8咯，教程点明必须要Oracle JDK版，我也没试过open版到底行不行，所以还是听教程的，安装步骤很简单，使用ppa源进行安装

    sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install oracle-java8-installer

  1. 数据的下载，其实就是一个需要导入mysql库的数据，主要用于比对后的id mapping

    这些直接用wget下载就行了

  2. 下载安装文件： local_b2g_db.zip

文件整理

新建一个目录blast2go（名字随意），解压上述文件，并将所有文件都放到blast2go目录下，然后cd到blast2go目录下，进行后续操作，文件总共有这几个：

b2gdb.sql  
b2gdb.sql~  
gene2accession  
gene_info  
go_monthly-assocdb-data  
idmapping.tb
mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar

导入数据库

  1. 将b2gdb.sql导入mysql数据库，并添加几个表格(前提你有root权限，没有权限的话，请参照上面的参考文章)

     mysql -u root -p password < b2gdb.sql

  2. 创建mysql数据库的一个用户blast2go，密码为blast4it，方便后续调用这个数据库（我对数据库不熟悉，反正我照做了）

     mysql -u root -p password -e "GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'localhost' IDENTIFIED BY 'blast4it';"
 mysql -u root -p password -e "FLUSH PRIVILEGES;"

  3. 接下来就是导入各个数据了

     mysql -s -u root -p password b2gdb < go_monthly-assocdb-data  #这步耗时会很久
 mysql -u root -p password b2gdb -e "LOAD DATA LOCAL INFILE '/home/anlan/blast2go/gene2accession' INTO TABLE gene2accession FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';"
 mysql -u root -p password b2gdb -e "LOAD DATA LOCAL INFILE '/home/anlan/blast2go/gene_info' INTO TABLE gene_info FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';"

  4. 最后导入mapping数据（如果你b2gdb密码设置的不是blast4it，记得下面的命令也跟着改，后续的一些的配置文件中的b2gdb的密码也要跟着改）

     java -cp .:mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar: ImportIdMapping /home/anlan/blast2go/idmapping.tb localhost b2gdb blast2go blast4it

测试

理论上，上述的步骤都没报错的话，下面的测试肯定没问题的

  1. 下载官网的测试例子https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip，其实也是之后正式使用的执行文件

  2. 修改配置文件b2gPipe.properties，如下：

     // GO and B2G Data Access Basic
 Dbacces.dbname=b2gdb
 Dbacces.dbhost=your_ip:3306
 Dbacces.dbuser=blast2go
 Dbacces.dbpasswd=blast4it

    your_ip即为你的ip地址，如果你有root权限的话，安装mysql时默认是3306端口的，不是的话，需要改为你设置的端口

  3. 运行自带的例子

     sh ./runPipeExample.sh

    结果会出现在当前目录下的result文件夹中，主要的也就是.dat和.annot两个文件了

注意事项

  1. 如果是go_monthly-assocdb-data数据导入时卡了或者异常退出了，需要重新导入的话，只要重新执行下命令就行了

     mysql -s -u root -p password b2gdb < go_monthly-assocdb-data

  2. 如果是gene2accession和gene_info异常退出的话，需要先将mysql里面的对应的表格删除后，才能重新执行命令

     mysql> use b2gdb;
 mysql> truncate table gene2accession;
 mysql> truncate table gene_info;

  3. 如果是idmapping.tb异常退出的话，需要删除的表格是gi2uniprot，然后再重新执行命令

     mysql> use b2gdb;
 mysql> truncate table gi2uniprot;

本文已在《生信技能树》公众号上投稿，并授权转载

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