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Picard的安装与注意事项

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最近想学习下使用GATK所介绍的best practice流程来call SNP流程

最开始按照网上的教程，在BWA比对后，准备用picard来压缩排序sam文件为bam文件，并对bam文件进行duplicates marking，这是就需要用到picard软件 按照教程网页上给的下载路径https://sourceforge.net/projects/picard/，里面是2015年的1.119版本，下载解压缩后，按照官网教程https://broadinstitute.github.io/picard/进行测试时发现，picard竟然无法正常使用

这是查了后才知道，由于picard是java软件，picard-1.119版本却不支持我的电脑上的java 1.8

下载与安装

下载：https://github.com/broadinstitute/picard/releases/latest

上述网页会提供三个下载文件选项picard.jar，Source code (zip)，Source code (tar.gz)

  1. 第一个与后两者有略微不同，其可以直接进行使用，如

     java -jar picard.jar -h

    会列出picard所包含的所有的工具以及对应的简介

  2. 后两者需要先解压缩，然后按照下述代码进行安装(先切换到压缩后的文件路径下)

     ./gradlew shadowJar
 java -jar build/libs/picard.jar
 ./gradlew jar

    最后也就是生成一个picard.jar文件，跟第一种方法一样了

后续picard使用也就是官网所示的用法了

java jvm-args -jar picard.jar PicardToolName OPTION1=value1 OPTION2=value2...

跟picard-1.119版本不同在于没有在一个文件下中显示所有picard的.jar文件，但是所有文件都可在官网查用处以用法

小提示

如果使用picard.jar SortSam工具时，报错：java.io.IOException: 设备上没有空间

解决方法：这个不错应该是java生成的临时日记文件太大，其所在路径大小不足以容纳，因此需要额外在一个足够大空间下创建一个tmp文件来存放临时日记（如果不是这个解释的话，先忽略~~~），然后使用-Dava.io.tmpdir=/home/anlan/tmp，即：

java -Djava.io.tmpdir=/home/anlan/tmp -Xmx10g -jar ~/biosoft/picardtools/picard.jar SortSam I=KPGP-00001_L6.sam O=KPGP-00001_L6.bam SORT_ORDER=coordinate

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