karyoploteR定制基因组可视化

karyoploteR是一个bioconductor的一个R包，用于定制非环形全基因组数据的可视化。其绘图绘图过程按照R的基本绘图系统，并且不需要其他图形包。karyoploteR旨在给使用者提供一种可以创建任何线性染色体基因组的表征，并在染色体上绘制相关基因组注释和实验数据。 karyoploteR仅仅只是一个绘图工具，因此意味着无法用这个R包来下载数据，需要使用者自己去下载然后导入R，这是这个R的一个不足之处。但其优点在于其不依赖数据库，因此可以绘制来自于各个地方的基因组数据。除了一点例外， ideograms cytobands是默认来自于UCSC。

这个软件特点也在于其灵活性，可以根据自己需求对图形做一系列的个性化操作。

karyoploteR可以满足常规的全基因组可视化需求，例如：

1. It can be used to plot somatic copy-number changes (SCNA) in cancer genomes obteined from exome, aCGH or SNP-array data

2. to plot the global BAM coverage from a WGS experiment

3. to create manhattan plots from GWAS studies

4. to create rainfall plots to detect kataegis

Links

• Bioconductor: http://bioconductor.org/packages/karyoploteR/.
  需要注意的是：karyoploteR是Bioconductor的一部分，而且是基于BioC 3.5，所以需要将Bioconductor升级到3.5才能安装karyoploteR包，而bioconductor 3.5需要先将R升级到3.4才行

• Github: https://github.com/bernatgel/karyoploter

• Tutorial and Examples: https://bernatgel.github.io/karyoploter_tutorial/

• Paper: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx346

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