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Aspera的安装与使用

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当我们需要一些NGS数据时，一般会想到去NCBI或者EBI的数据库中下载。但是当我们用wget下载时，如果网络不给力的话，那只能是龟速的下载，对于那些几十G或者上百G的数据，那就实在无能为力了。这时我们可以使用Aspera来下载NGS数据 Aspera有浏览器插件Aspera Connect，跟迅雷之类的类似，但我没用过，因为我需要下载到自己的服务器上，不然只是下载到自己的PC记的话，还需要在传输到服务器，这样比较麻烦也耗时，所以下面主要的讲的是在服务器上的操作

安装

  1. 根据电脑版本下载对应aspera connect server，下载地址：http://downloads.asperasoft.com/en/downloads/4

  2. 下载获得的是shell脚本，直接安装

     sh aspera-connect-3.7.1.139846-linux-64.sh
 #bash aspera-connect-3.7.1.139846-linux-64.sh

  3. 如果安装报错，提示openssl版本过旧，那么我们还需要重新安装一个最近的openssl，这个情况在我在使用Ubuntu 14.04的时候遇到过，安装过程参考http://blog.csdn.net/skymanwww/article/details/69498794?locationNum=3&fps=1

     #卸载旧版本的openssl
 sudo apt-get remove openssl libssl-dev

 #下载最近版本的openssl-1.0.2l.tar.gz

 #安装openssl
 ./config
 make
 make install

 #建立软连接
 ln -s /usr/local/ssl/bin/openssl    /usr/bin/openssl
 ln -s /usr/local/ssl/include/openssl    /usr/include/openssl

 #刷新动态配置
 vim /etc/ld.so.conf
 #末尾插入一行
 /usr/local/ssl/lib
 #执行命令
 ldconfig -v

 #测试是否安装成功，查看版本号是否是1.0.2
 openssl version -a

  4. 安装好后，找到home目录下的会有一个.aspera目录，里面有可执行文件ascp以及秘钥文件asperaweb_id_dsa.putty，一般建议将秘钥复制到home目录下使用比较方便

     cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty ~/

使用

从NCBI上下载SRA文件

    ascp -i /home/anlan/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP018/SRP018998/SRR799575/SRR799575.sra ./

注意点：

  1. 最好要使用秘钥的绝对路径，如：

     /home/anlan/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty

  2. 有时putty可能不能使用，这时可选用asperaweb_id_dsa.openssh

     /home/anlan/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh

  3. 如果报错：Error: Server aborted session: Client requests stronger encryption than server allows，那么可以参考https://support.asperasoft.com/hc/en-us/articles/216126788-Error-Client-requests-stronger-encryption-than-server-allows的处理方法，也就是加个-T命令

     ascp -T -i /home/anlan/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP018/SRP018998/SRR799575/SRR799575.sra ./

  4. 从EBI上下载也类似，给个例子：

     ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.putty era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/ERA012/ERA012008/sff/library08_GJ6U61T06.sff

使用后会发现，从NCBI上下载SRA速度，一般的宽带的话，也可以达到100M/s，大大节约了下载的时间，非常给力

本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处

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