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Learning Shiny

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强烈推荐这篇文章：http://deanattali.com/blog/building-shiny-apps-tutorial/

我按照上述教程做了下个人的总结，主要是一些最基础的东西，可能不太全，只是对上述教程的一个总结。 #### 安装Shiny

  1. 安装R

     sudo apt install r-base

  2. 安装Rstudio-server

     sudo apt-get install gdebi-core
 sudo apt-get install libapparmor1
 wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.0.143-amd64.deb
 sudo gdebi rstudio-server-1.0.143-amd64.deb

    如果Rstudio-server不能以root用户登录，所以我们需要创建一个用户

     sudo addusr anlan
 ......

    然后在网页上输入ip:8787进入Rstudio-server界面，输入用户和密码，即可登录

  3. 安装Shiny

     sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

    不能直接进入R，然后install.packages("shiny"),因为如果这样安装，是将shiny包安装下当前登录用户的个人library中，使得最终shiny-server无法运行

     sudo apt-get install gdebi-core
 wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-12.04/x86_64/shiny-server-1.5.3.838-amd64.deb
 sudo gdebi shiny-server-1.5.3.838-amd64.deb

    做完以上几步后，shiny-server算是初步安装好了，然后可以在网页上52.24.111.0:3838进入shiny-server界面（52.24.111.0是ip地址）。一般我们能看到左边一列的文字和右边的两个框。当然还需要再安装个rmarkdown，不然还是会有error的

     sudo su - -c "R -e \"install.packages('rmarkdown', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

配置Shiny Server

  1. references

    • Shiny Server log is at /var/log/shiny-server.log
    • The default Shiny Server homepage you’re seeing is located at /srv/shiny-server/index.html - you can edit it or remove it.
    • Any Shiny app directory that you place under /srv/shiny-server/ will be served as a Shiny app. For example, there is a default app at /srv/shiny-server/sample-apps/hello/, which means you can run the app by going to http://123.456.1.2:3838/sample-apps/hello/
    • The config file for Shiny Server is at /etc/shiny-server/shiny-server.conf
    • To reload the server after editing the config, use sudo reload shiny-server
    • When hosting an Rmarkdown file, name the file index.rmd and add runtime: shiny to the document’s frontmatter

  2. 赋予shiny权限

    假设当你登录是以anlan登录，你在shiny server创建的文件只有该用户（除了root）才有权限读写，但是shiny server是以shiny用户来运行shiny的app，所以要给予shiny用户在一些目录的权限。

     sudo groupadd shiny-apps
 sudo usermod -aG shiny-apps dean
 sudo usermod -aG shiny-apps shiny
 sudo chown -R dean:shiny-apps /srv/shiny-server
 sudo chmod g+w /srv/shiny-server
 sudo chmod g+s /srv/shiny-server  ####在该目录下创建的文件都属于该目录所属的组

从Git下载shiny app

  1. 下载shiny官网的例子

     git clone https://github.com/rstudio/shiny-examples.git

    文件是要下载到/srv/shiny-server中

  2. 运行例子程序

     http://52.24.111.0:3838/shiny-examples/010-download/

    想要运行哪个shiny app，只要在http://52.24.111.0:3838/后面添加/srv/shiny-server中的文件的相对路径即可

参考：

http://deanattali.com/2015/05/09/setup-rstudio-shiny-server-digital-ocean/
http://www.bio-info-trainee.com/1683.html

Learning Shiny

基础篇

在Rstudio上，可以先搭建一个最简单的shiny框架：

library(shiny)
ui <- fluidPage()
server <- function(input, output) {}
shinyApp(ui = ui, server = server)

ui表示shiny的界面，server则表示执行的程序app。

我们除了可以将ui和server简单的写在一个app.R中（如上面所示），还可以将两者分别写入两个文件ui.R、server.R中。

R将html的标签都封装到tags中，可以通过?tags查看h1()、strong()、em()等用法，因此有类似的用法div("this is blue", style = "color: blue;")

UI部分

  1. 添加title

     fluidPage(
     titlePanel("BC Liquor Store prices")
 )

  2. 添加布局（简单的布局）

     ui <- fluidPage(
     titlePanel("BC Liquor Store prices"),
     sidebarLayout(
         sidebarPanel("our inputs will go here"),
         mainPanel("the results will go here")
     )
 )

    注意每个函数后面需要逗号进行隔开

  3. 标准shiny部件

     actionButton -> 执行按钮
 submitButton -> 提交按钮
 checkboxGroupInput -> 一组复选框
 checkInput -> 一个单一复选框
 dataInput -> 一个日期选择器
 dataRangeInput -> 时间范围选择器
 fileInput 上传文件
 helpText -> 帮助文档
 numericInput -> 输入数值
 radioButtons -> 单选按钮
 selectInput -> 可选择的待选盒
 sliderInput -> 滑动条
 textInput -> 输入文本

    如：

     checkboxInput("checkbox", label="Choice A", value = TRUE)

    checkbox为inputID, Choice A为部件名称， value为的默认值，如果点了这个按钮则表示输入“TRUE”

     sliderInput("priceInput", "Price", min = 0, max = 100,
                      value = c(25, 40), pre = "$")
 )

    min为sliderInput所要设定的最小值，max则为最大值，pre为在值前面添加的符号，在条形框中可以在范围内任意选择两个值，一个最大值，一个最小值

     radioButtons("typeInput", "Product type",
     choices = c("BEER", "REFRESHMENT", "SPIRITS", "WINE"),
     selected = "WINE")

    choices为选择的按钮值，selected为传输的默认值，选择choices中的一个，则表示将这个值输入到server中执行

     selectInput("countryInput", "Country",
     choices = c("CANADA", "FRANCE", "ITALY"))

    出现一个下拉框，可以选择choices中的任意一个作为输入值

    将以上连起来放置在sidebarLayout()就是多个的shiny部件的集合体

  4. 除了输入的展现形式外，在UI界面还有一个输出的展现形式

    类似于inputId，outputId也需要唯一。函数需要可以写在mainPanel()中，也就是界面的右半边

  5. 添加图片在UI界面

     img(src = 'image.png')

    注：图片一般是放在与ui.R以及server.R同目录下的www文件夹内。如果是RStudio中执行的话，可以将图片放在R目录下library（具体路径因人而异）

Server部分

Server函数主要负责将inputs转变为outputs展现在shiny app上，因此必须有input and output。input就是通过部件读入的values，output则是你将input转化并展现的values。

  1. 构建一个output

    首先需要在UI中有个输出的定义，如：

     mainPanel(plotOutput("coolplot"))

  2. 然后在server中将部件中的priceInput的value输入，并以plot图展示在"coolplot"中，因为在UI中使用的是plotOutput，所以在server中要使用对应的renderPlot，并将plot放置在renderPlot函数中。

     output$coolplot <- renderPlot({
     plot(rnorm(input$priceInput[1]))
 })

    每个输出都要有个唯一的outputID,这里就是指"coolplot"

  3. 我们也可以在shiny app中调用其他包，比如ggplot来作图

     output$coolplot <- renderPlot({
     ggplot(bcl, aes(Alcohol_Content)) +
      geom_histogram()
 })
 ###bcl是读入的数据框###

  4. 除了plot还有常用的table output

     output$results <- renderTable({})

Reactivity部分

Shiny app 能够根据input数据即时改变output数据，这是依靠reactive程序来实现的

  1. 除了render*函数，还有另外两个常用的的函数reactive({})和observe({})

     observe(print(input$priceInput))

    他会输出priceInput值，并且随着部件中priceInput值的变化而变化，输出在console上。如果不加observe，直接print会报错。这种输出方式也是很好的一种排错的方法之一

  2. observe({})与reactive({})的区别在于后者可以返回value,前者在于展现value（在console），如：

     priceDiff <- reactive({
     diff(input$priceInput)
 })
 observe({ print(priceDiff()) })
 ###注意这里用的是priceDiff()，而不是priceDiff

    因此我们可以将一些R运算放置在reactive中，以减少一些重复的代码。比如一些既在renderPlot({})出现也在renderTable({})出现的运算，可以通过reactive({})来整合成一个reactive变量，然后在后续render*中调用即可

使用uiOutput()创建动态UI元素

  1. 一般来说，我们在UI创建的input在shiny app运行前就固定了，但如果你想通过一个input来改变另外一个input，则可以使用uiOutput()来创建动态的input，uiOutput()与之对应在server的是renderUI

     ui <- fluidPage(
     numericInput("num", "Maximum slider value", 5),
     uiOutput("slider")
 )

 server <- function(input, output) {
     output$slider <- renderUI({
         sliderInput("slider", "Slider", min = 0,
             max = input$num, value = 0)
     })  
 }

 shinyApp(ui = ui, server = server)

    可以看到，在ui中，已用uiOutput()代替之前原来的sliderInput()，然后在renderUI()设置了一个新的sliderInput()，其值是随着numericInput()的改变而改变，这是一种很常用的表现形式。

  2. 使用uiOutput时还要注意一点其运行流程的顺序。比如，如果在server中使用renderUI，然后在其后就要调用renderUI所产生的value，这样是error的。因为renderUI产生的value还需返回到UI中才能被server里的后续函数调用，所以我们需要自行增加判断语句来识别，以过滤掉这error，尽管这个error不会对整个app的运行造成阻碍。

  3. 如果我们已经固定了某个UI Input，然后希望在后续又能对其进行修改，则可以使用Input所对应的update*input来修改上述参数，如：

     ui <- fluidPage(
     sliderInput("slider", "Move me", value = 5, 1, 10),
     numericInput("num", "Number", value = 5, 1, 10)
 )
 server <- function(input, output, session) {
     observe({
         updateNumericInput(session, "num", value = input$slider)
     })
 }
 shinyApp(ui = ui, server = server)

    通过上述代码，我们即可在UI部件numicInput中手动修改参数，也可以通过修改sliderInput中的value来更新numericInput中的value

上述内容均来自https://deanattali.com/blog/building-shiny-apps-tutorial/，该教程写的非常详细非常好，很适合新手入门理解，以上内容只是个人的理解总结，详细教程请看原文，语言简单易懂。

本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处

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