在转录组定量分析时,如果采用的是alignment-based转录组定量策略,那么一般会使用的是HISAT2、STAR或者TopHat等比对软件。
接着则是对转录组进行定量,如果是基于基因水平的定量,我之前一般是采用HTSeq-count工具来获取每个基因上的count数。所谓count数,个人简单的理解为根据不同比对情况,将reads分配到各个基因上。HTSeq-coun对于多重比对的reads则是采取舍弃策略。当HTSeq-count选择默认参数(-m 默认模式),那么reads是以下图所示的union的情况进行分配的