conda一个包管理器

Conda是一个开源包管理系统和环境管理系统，可用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，在能在它们之间切换。因此我们可以通过conda来解决python软件包依赖的问题，还有python版本问题，省事！

装conda之间，我们首先要理清一个概念：
1. Conda包含在Anaconda和Miniconda
2. Miniconda是一个小的引导版本，只包含conda，Python和它的依赖包
3. Anaconda包括conda，conda-build，Python和超过150个自动安装的科学包及其依赖项

因此对我来说，Miniconda就足够使用了，只是想快速使用conda来安装包而已

Miniconda的下载及安装

下载地址：https://conda.io/miniconda.html

我选择的python 2.7 linux 64位

用下述命令进行安装即可：

bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

安装过程中会提示你一些信息，输入yes即可（说明默认）

最后source ~/.bashrc

用conda list命令测试是否正确安装，如果正确安装，则会显示已安装软件包列表

conda常用命令及环境管理

查看当前系统下的环境，在创建新环境之前，一般只有root环境，即刚开始的默认环境
```
 conda info -e
```
创建新环境，比如创建一个名为biosoft环境，指定python版本2.7(必须至少指定python版本或者一个要安装的包)，然后你就可以在~/miniconda2/envs目录下看到你设置的环境文件夹
```
 conda create -n biosoft python=2.7
```
环境切换
```
 source activate biosoft
```
退出环境
```
 source deactivate biosoft
```
移出环境（如果这个环境你不需要了的话）
```
 conda remove -n biosoft --all
```

包安装及管理

常规的安装软件方式，-n 指定环境（不写则是默认环境，我一般也就在默认环境下用着）
```
 conda install -n biosoft numpy
```
查看已安装的包（不-n指定环境，则是默认环境）
```
 conda list -n biosoft
```
查找并更新包
```
 conda search numpy
 conda update numpy
```
卸载包
```
 conda remove numpy 
```

配置下conda

如果是要安装生信相关的软件，比如我最近遇到的multiqc（用来批量可视化测序QC结果），那么用上述方法是安装不了的，需要再添加几个channel，比如bioconda。安装https://bioconda.github.io/操作即可，如：
```
  conda config --add channels defaults
  conda config --add channels conda-forge
  conda config --add channels bioconda
```
这里的channel优先级是bioconda最高

其实也可以直接的命令行中指定channel为bioconda
```
  conda install -c bioconda multiqc
```
如果你觉得一些包下载过慢，可以添加清华大学的TUNA镜像
```
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  conda config --set show_channel_urls yes
```
然后less ~/.condarc查看下是否加入到channels中

参考文章：

http://www.jianshu.com/p/17288627b994
https://zhuanlan.zhihu.com/p/22678445
http://www.biotrainee.com/thread-838-1-1.html

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